Nació en Venecia, Italia, en 1843. Realizó estudios artísticos en la Real Academia de Bellas Artes de Venecia y posteriormente con su hermano, ex director de la Academia de Bellas Artes de Trieste. Llegó a Buenos Aires en 1869 luego de exponer sus acuarelas en Londres y París con gran éxito. En 1870 se hospedó en una estancia en Ramallo donde pasó seis meses pintando escenas camperas y paisajes del río Paraná, luego de lo cual decidió radicarse definitivamente en Buenos Aires. Tuvo numerosos discípulos, entre ellos los argentinos Carlos Gutiérrez y Eduardo Schiaffino. La primera exposición nacional realizada en la ciudad de Córdoba en 1871 exhibió obras de su autoría. Fue profesor en el Colegio Nacional y formó parte del grupo fundador de la Sociedad Estímulo de Bellas Artes en 1876, siendo su primer presidente. De igual modo, pinturas de Aguyari integran el patrimonio fundacional del Museo Nacional de Bellas Artes, creado en 1895 e inaugurado en el Bon Marché, actual edificio de las Galerías Pacífico. Murió en Buenos Aires en 1885.